Baudouin adalah putra Eustace II, Comte Boulogne dan Ide dari Lorraine (putri Godefroy III, Adipati Lorraine Hilir), dan adik Eustace III, Comte Boulogne dan Godefroy dari Bouillon. Sebagai saudara bungsu, Baudouin awalnya ditujukan untuk berkarier di gereja, namun ia menyerah pada sekitar tahun 1080; menurut Willelmus dari Tirus, yang hidup pada abad ke-12 dan tidak mengenal Baudouin secara pribadi: "di masa mudanya, Baudouin juga memelihara seni liberal. Ia menjadi seorang ulama, dikatakan, dan karena keturunannya yang terkenal, memiliki manfaat yang biasa disebut prebend di gereja-gereja di Reims, Cambrai, dan Liège." Setelah itu ia tinggal di Normandia, di mana ia menikahi Godehilde (atau Godvera) de Toeni, putri Raoul de Conches dari keluarga bangsawan Anglo-Norman (dan sebelumnya bertunangan dengan istri Robert de Beaumont). Ia kembali ke Lorraine Hilir dalam rangka untuk mengendalikan kadipaten Verdun (yang sebelumnya dipegang oleh Godefroy).